Биоинформатик

Обязанности

• Анализ данных NGS: WES/WGS; работа с данными SNP-array.

• Разработка и внедрение алгоритмов для анализа омиксных данных и других биологических данных.

• Построение и сопровождение аналитических пайплайнов: автоматизация анализа, написание и поддержка скриптов на Bash, Python и R.

• Работа в HPC-среде (вычислительные кластеры): запуск и мониторинг задач, оптимизация использования ресурсов, обработка больших объёмов данных.

• Работа с биобанками и крупными когортами, включая UK Biobank (UKBB).

• Подготовка понятных отчётов по результатам анализа (методика, QC, ключевые выводы, ограничения).

• Чтение и критическая оценка научных публикаций и технической документации на английском языке.

• Научная добросовестность как стандарт: честно отражать ограничения данных/методов, полностью описывать пайплайны и параметры, при ошибках — оперативное уведомление и исправление.
• Фокус на результате и дедлайнах.

Требования

Обязательные

• Уверенное владение Python и R; понимание базовых принципов ООП.

• Уверенные знания математической статистики (оценивание, проверка гипотез, регрессионные модели; понимание множественного тестирования).

• Хороший технический английский (чтение статей, документации, написание технических комментариев).

• Отличные навыки технического письма: умение оформлять воспроизводимые отчёты (методика, параметры, QC-метрики, выводы, ограничения).

Профессиональная экспертиза

• GWAS/QTL-анализ.

• Анализ популяционной структуры (PCA/ADMIXTURE и аналоги).

• Phasing/imputation генотипов.

• Расчёт родства/инбридинга (GRM/kinship, F, relatedness).

• Построение геномных предикторов: GBLUP/ssGBLUP; PRS-аналоги для животных/растений.

• Оценка эффектов маркеров; при необходимости — работа с вариантами (variant calling/QC/annotation) и структурными вариантами (CNV/SV).

Инструменты и инфраструктура

• Практический опыт работы с инструментами геномного анализа: PLINK, BCFtools, VCFtools, GCTA, GEMMA и/или SAIGE, ANGSD (в зависимости от задач).

• Опыт разработки воспроизводимых пайплайнов: Nextflow и/или Snakemake.

• Контейнеризация: Docker и/или Singularity.

• HPC: работа с планировщиками (например, SLURM), понимание ресурсов и оптимизации вычислений.

• Контроль версий и окружений: Git, Conda/Mamba.

Если ваша опыт слабо пересекатся с тербованиями в секциях "Профессиональная экспертиза" и "Инструменты и инфраструктура", все равно откликайтесь. Основное требование - умение качественно работать с биологическим данными.

Зарплата

Зарплата по результатам собеседования

Условия

• Офис: Технопарк Новосибирского Академгородка.

• Формат работы: очно, гибкий график 5/2, 40-часовая рабочая неделя.

• Профессиональное развитие: участие в подготовке и публикации научных результатов.

• Интересные проекты
• Обучение

О компании ComputeBio
ComputeBio — команда, которая занимается заказной разработкой биоинформатических инструментов, научно-исследовательскими и опытно-конструкторскими работадми (НИОКР) для компаний в России и за рубежом. Среди наших клиентов — Мираторг, РусАгро, СоюзСемСвёкла, Башкирская Мясная Компания, НИИ и другие.
Основные направления проектов: анализ данных и разработка решений для геномной селекции животных и растений, поиск новых генетических маркеров, а также задачи медицинской геномики (включая предсказание рисков заболеваний человека) и другие прикладные исследования.